Mit ihrer Schwerpunktbildung in der Forschung erfüllt die JGU eine der wesentlichen Voraussetzungen für ihre internationale Konkurrenzfähigkeit und ist damit sehr erfolgreich. Federführend bei der Profilbildung ist das Gutenberg Forschungskolleg, dessen Leitungsgremium aus exzellenten Forschenden der JGU und ihrer außeruniversitären Partnerinstitute besteht.

Weltweit führend sind die Mainzer Teilchenphysikerinnen und -physiker, die im Exzellenzcluster PRISMA+ forschen. Aber auch in anderen Bereichen ist die JGU überaus erfolgreich, etwa in den Materialwissenschaften, der Quanten- und Atomphysik, der nachhaltigen Chemie und der Polymerchemie sowie in den Lebenswissenschaften und der Translationalen Medizin.

Aus diesen Bereichen kommen auch die Anträge, mit denen sich die JGU in der aktuellen Phase der Exzellenzstrategie um Exzellenzcluster bewirbt: PRISMA++ als Folgeprojekt von PRISMA+ und CoM2Life als Projekt aus der Biomaterialforschung.